Los Institutos de investigación del CONICET son unidades de investigación y servicios que, bajo la responsabilidad de un director, realizar tareas de investigación científica, tecnológica o de desarrollo, organizadas en varias líneas de trabajo. Estas instituciones han demostrado un desempeño constante a lo largo del tiempo y han sido capaces de adaptarse a situaciones de cambio y transformación, tanto a nivel interno como externo. El CONICET ha realizado en los últimos años una fuerte inversión en infraestructura de personal y equipamiento adecuado a la índole de la actividad de cada Instituto, buscando profundizar a partir de sus estructuras la formación de investigadores y técnicos.

Estas Unidades Ejecutoras (UE) cuentan con una estructura organizacional compuesta por un Director designado por concurso público, un Vice-Director y un Consejo Directivo.

El Director es el responsable  institucional de la Unidad teniendo a su cargo el funcionamiento de la misma a través de las normativas correspondientes en cada caso. Preside en Consejo Directivo de la Unidad Ejecutora y tiene a su cargo la responsabilidad de la administración de los recursos humanos y económicos o patrimoniales que la misma reciba. Es designado por concurso público, y por un período determinado de tiempo de acuerdo a la normativa del CONICET y de la/s institución/es, que por convenio, establezcan una dependencia conjunta para la Unidad.

Para la elección del Consejo Directivo, los integrantes de la Unidad Ejecutora conforman un padrón de electores integrado por los investigadores que se desempeñan en la misma, un padrón integrado por los miembros de la Carrera del Personal de Apoyo a la Investigación y Desarrollo (CPA) y el personal técnico que se desempeñan en la misma, y un padrón integrado por los becarios con lugar de trabajo en la UE.